裕固族在东迁以前信仰过萨满教和摩尼教。东迁后，裕固族改信藏传佛教格鲁派（黄教）。明末，裕固族建立起本民族最早的黄教寺院——古佛寺。清代，黄教在裕固族地区达到全盛。先后修建了景耀、康隆、转轮、莲花、明海、长沟、红湾、水关、夹道（系古佛寺迁移而来）等9个寺院，分布在各个部落，故有“什么寺院属什么家”的说法。这些寺院中，除康隆寺、红湾寺属青海广惠寺夏洛瓦呼图克图管辖外，其余均受青海互助县佑宁寺土观呼图克图管辖。 裕固族寺院的规模比较小。规模最大的康隆寺，最多时有五百多僧人。其他各寺以二三十个僧人的居多，最少的只有七八个僧人。寺院内部组织不甚严密，有的寺院有活佛、堪布、法台，有的只有僧官或提经。他们除宗教节日和放会时到寺院念经外，平日大多在家参加牧业劳动。较大的几个寺院，每年都有定期的正月大会、四月大会、六月大会、十月大会，每月十五还有一次小会。 新中国成立前，寺院是各部落宗教活动中心，也是各部落的政治经济中心。寺院上层和部落头人的关系十分密切，有些部落的重大事务，头目经常和寺院上层人物商量。青海主寺通过教权进而掌握裕固族部落头目的承袭批准权。如裕固族“七族黄番总管”首先要经过青海广惠寺寺主的批准，再经地方驻军衙门委任。 裕固族皈依藏传佛教后，仍保留着古老的信仰，即对“汗点格尔”的崇拜。从讲两种语言的裕固族在敬奉“汗点格尔”时都用尧呼尔语的传统来看，这可能是原始萨满教的遗留。“点格尔”在裕固族语中是“天”的意思，“汗”是“可汗”的意思。“汗点格尔”意为“天可汗”。裕固族人认为“汗点格尔”能使他们避邪免灾，一年四季太平吉祥。所说的“汗点格尔”，就是一根细毛绳，上面缠有各种牲畜的毛穗和各色布条，下端是一个小白布袋，里面装有带皮和脱皮的五谷杂粮，供奉在帐篷内的右上方。 裕固族地区重建并开放的寺院有3座，即康隆寺、明海寺和长沟寺   。